托马斯(迪伦奥布莱恩饰)率领的森林勇士在经历了迷宫逃生和末日僵尸的死亡考验后，终于迎来了最终的正邪决战。托马斯和纽特(托马斯桑斯特饰)带领的救援队花了三年时间计划营救被俘的米诺，却意外发现米诺不在被劫列车上。经过调查，众所周知美浓是受世界基督教协进会控制的。托马斯和纽特毅然决定起身前往人类最后的净土，也就是所谓的“最后的首都”。他们甚至利用背叛森林勇士加入WCKD的特蕾莎(卡娅斯科达里奥饰)闯入WCKD营救米诺等人。