在第一季的最后一集，当迈克(温特沃斯米勒温特沃斯米勒饰)和林肯(多米尼克珀塞尔的多米尼克珀塞饰)跑到歹徒阿布鲁齐派来的飞机的停机位时，飞行员因为安全问题没有等他们就离开了。越狱的犯人只能望天长叹，于是各自开始了逃亡生涯。追捕逃犯的联邦调查局高级特工马宏在副总统授权下成为抓捕组组长。他决定一个一个地打破它们。另一方面，莎拉的父亲因为林肯的案子沉默了，她开始相信麦克，并从父亲的遗物中得到线索。副总统凯勒曼去抓林肯的儿子LJ，并试图将他作为人质。他杀了LJ一家，LJ却意外逃脱。一直在帮助林肯的律师掌握越来越多的线索.所有的阴谋似乎都在慢慢被揭露。